本中心微生物室是集临床微生物学检验、教学、科研为一体的专业化临床实验室。拥有一支专业过硬、态度严谨、责任心强的学科队伍。本科室拥有高级职称2名、中级职称2名。微生物室拥有VITEK-2 Compact全自动微生物鉴定、药敏分析系统、全自动血培养及无菌体液培养系统、生物安全柜、超低温冰箱、CO2培养箱和普通恒温箱。
科室开展项目及任务：常规的细菌培养及药敏试验、苛养细菌的培养及药敏试验、血液及无菌体液培养及药敏试验、念珠菌培养及药敏试验、丝状真菌的常规鉴定，同时负责院内感染病原菌的耐药性检测及监测、耐药机制以及流行病学研究，肩负进修生、实习生的教学工作。
